In 1303 vindt in Breda een belangrijke gebeurtenis plaats. Raso II van Gaveren, Heer van Breda, verheft de kerk tot een collegiale kerk. Vanaf dat moment wordt de kerk bestuurd door een kapittel, eerst bestaande uit acht en later uitgebreid tot twaalf of dertien kanunniken. Als halverwege de veertiende eeuw, Jan I van Polanen zich als Heer van Breda ook daadwerkelijk vestigt in Breda begint voor Breda en voor de Grote Kerk een bloeiperiode. Het hoogtepunt van deze bloeiperiode wordt bereikt tijdens de heerschappij van Engelbrecht II van Nassau en Hendrik III van Nassau, beide hoge functionarissen aan het Habsburgse Hof.
Grafmonumenten
Aan deze oudste periode, de 14de eeuw, herinneren de twee grafmonumenten voor respectievelijk Jan I van Polanen en Jan II van Polanen . Beide staan in de noordelijke kooromgang, echter niet op hun oorspronkelijke plaats. Oorspronkelijk stond het grafmonument van Jan I van Polanen in de in 1372 gestichte grafkapel aan de noordzijde van het koor. Deze kapel zou in 1410 worden uitgebreid tot het zogenaamde Herenkoor, het koor voor de Heren van Breda. Op het grafmonument van Jan I van Polanen ligt hij zelf, overleden in 1378, temidden van zijn eerste en tweede vrouw, Oeda van Hoorne en Machteld van Rotselaar. Zijn derde vrouw is later bijgezet.
Jan II van Polanen
Jan II van Polanen , overleden in 1394, ligt nu op een sarcofaag in een nis in de muur van de kooromgang. Het monument is hier naartoe verplaatst bij de uitbreiding van de kerk in het begin van de 16de eeuw, toen de kooromgang werd gebouwd, samen met de huidige Prinsenkapel aan de noordzijde en de Niervaartkapel aan de zuidzijde van de kerk.
